毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究

编号 zgly0001720286

文献类型 期刊论文

文献题名 毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究

作者 周永恒  马跃  崔靓玉  徐艳春  杨淑慧 

作者单位 东北林业大学野生动物与自然保护地学院  国家林业和草原局野生动植物检测中心  国家林业和草原局野生动物保护与利用工程技术研究中心 

母体文献 野生动物学报 

年卷期 2020年04期

年份 2020 

分类号 Q95-33 

关键词 毛干  清洗  DNA提取  细菌DNA 

文摘内容 毛发(无根)作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时,mtDNA片段扩增效果较好,但核基因的扩增成功率极低。人们将其归因于核DNA质低量少所致。然而我们在前期研究中发现,从毛干中得到的总DNA混有大量的细菌DNA,是导致核基因扩增困难的主要因素之一。为此我们尝试建立一种高效、快速、低成本,而且不影响DNA提取的清除毛干细菌的方法。本研究以蓝狐被毛为材料,经过普通清洗后,以4种方法处理毛干,随后使用磁珠法进行总DNA提取,并通过荧光定量PCR检测总DNA中细菌DNA的含量,以此评估4种方法的有效性。结果表明,未经处理的毛干(V#1—V#3样本)总DNA中,mtDNA和细菌pDNA的Ct值分别为(15.53±0.15)和(16.82±0.03),二者的比值为(0.923±0.009)。以SDS和NaOH(方案I)、溶菌酶(方案II)和triton X-100(方案III)处理的毛干样本,细菌DNA的含量没有明显降低。用65℃的4 mol/L NaOH溶液处理毛干样本20 s(方案IV),可把pD NA的拷贝数降低近1 000倍,而动物DNA的拷贝数没有明显降低。延长处理时间至35 s以上会降低DNA的提取效果甚至提取失败。因此,我们推荐在提取毛干总DNA之前,采用方案IV处理毛干样品。