DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异的比较

编号 zgly0001675367

文献类型 期刊论文

文献题名 DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异的比较

作者 赵芳芳  张鸣明  罗玉柱  李少斌 

作者单位 甘肃农业大学动物科学技术学院甘肃省草食动物生物技术重点实验室甘肃省牛羊基因改良工程实验室  甘肃省商业科技研究所有限公司 

母体文献 中国草食动物科学 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S813 

关键词 基因  突变  DHPLC  PCR-SSCP 

文摘内容 SNP(Single nucleotide polymorphism)被认为是揭示遗传变异最理想的遗传标记,广泛应用于疾病相关的基因筛查、动植物经济性状遗传标记、群体遗传进化等。目前,筛查SNP的方法很多,文章旨在比较DHPLC(Denaturing high performance liquid chromatography)和PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism)两种方法在筛查同一基因片段变异的效果,为筛查基因突变的方法提供选择依据。以绵羊孕酮受体基因(PGR)第4外显子为突变筛查对象,以DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异,以直接测序作为标准,对比分析两种方法在检出率、准确率、经济性和自动化程度等方面的优劣。结果表明:在对391份藏绵羊血液样品的PGR基因进行分析后,SSCP法检出率100%,而DHPLC法检出率仅83.63%;DHPLC法准确率97.25%,高于SSCP法的94.37%;同时操作性和自动化方面DHPLC法要优于SSCP法,但其检测成本比SSCP法高20倍左右;SSCP法应用的广泛性比DHPLC高许多,其中在畜牧和动物医学这两门学科中应用最多,而DHPLC法在人类医学研究中的应用较多。结论:DHPLC法适合运用于基因突变率低和已完全测出基因序列的物种,具有准确率高、操作简单和自动化程度高等优点;SSCP法对基因序列是否已知及突变率高低无要求,具有检出率高、成本低等优点,此法在动物育种领域中应用更为广泛。