构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较

编号 zgly0000709815

文献类型 期刊论文

文献题名 构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较

学科分类 220.20;森林培育学

作者 曾昭清  赵福永  Tom  Hsiang  余知和 

作者单位 长江大学生命科学学院  Guelph大学环境生物学系 

母体文献 遗传 

年卷期 2010,32(11)

页码 1195-1202

年份 2010 

分类号 Q949.32 

关键词 Standalone  Blast  E值  真菌基因组:  同源性 

文摘内容 为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系。构巢曲霉基因组的924个基因与这30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,其中E值在10-5～0.1、10-30～10-5、10-100～10-30、0～10-100范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。ClustalX多序列比对分析显示,E值10-5～0.1的6组序列和E值10-30～10-5的3组序列均显示变异性过大而E值0～10-100的6组序列过于保守,E值介于10-100～10-30之间的6组同源序列可用于本研究的31种子囊菌系统学分析。