长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测

编号 zgly0001498285

文献类型 期刊论文

文献题名 长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测

作者 张素芳  张磊  赵佳丽  张莉  张含国 

作者单位 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室 

母体文献 北京林业大学学报 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 S791.22 

关键词 小RNA  长白落叶松  miRNA  靶基因 

文摘内容 miRNA是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助Illumia测序平台,经过Solexa测序分析,对长白落叶松的miRNA进行了分析,最终筛选出了15 294 797条clean reads。比对结果显示,除去核糖体RNA(rRNA)2 991 972条、转运RNA(tRNA)65 264条、核内小RNA(snRNA)1 670条、核仁小RNA(snoRNA)467条等ncRNA以及重复序列6 421条,共获得未获得注释的miRNA12 229 003条,占总注释小RNA的79.96%。利用miRDeep2对未注释的小RNA进行miRNA的筛选,共得到78个新发现的miRNA,分别隶属于miR164、miR166、miR160、miR950、miR396家族。通过进一步对靶基因的注释分析共得到333个与其相对应的靶基因;其功能包括转录因子类,未知功能蛋白,离子结合蛋白,延长因子,信号转导,细胞壁或细胞膜的生物合成等调控植物生长发育过程。