干旱耐受型和敏感型玉米应答干旱的比较转录组学分析

编号 zgly0001727583

文献类型 期刊论文

文献题名 干旱耐受型和敏感型玉米应答干旱的比较转录组学分析

作者 刘春妮  宋明桂  陈思远  邱志旭  马闯 

作者单位 西北农林科技大学生命科学学院生物信息学中心 

母体文献 西北农林科技大学学报:自然科学版 

年卷期 2021,49(4)

页码 29-39

年份 2021 

分类号 Q811.4 

关键词 玉米  干旱胁迫  差异表达  转录本转换  生物信息学 

文摘内容 [目的]比较分析干旱耐受型(Han21)和敏感型(B73)玉米自交系响应干旱胁迫的转录组数据,为理解玉米应答干旱胁迫的分子机制提供依据。[方法]利用高通量测序技术获得Han21、B73在正常和干旱条件下的转录组,随后利用一系列生物信息学方法进行转录组数据质控(FastQC)、测序数据与基因组的序列比对(HISAT2)、基因表达定量分析(StringTie)、差异表达分析(edgeR)、转录本转换事件分析(deepTS)以及基因功能富集分析(topGO)。[结果]B73和Han21玉米自交系在正常和干旱条件下的差异表达基因分别有917和2 832条,其中转录因子分别有80和214条;干旱胁迫下,双因素分析发现1 475条基因在B73和Han21中的表达存在显著差异,这些基因参与细胞壁合成、碳水化合物及多糖代谢等生物学过程;1 475条差异表达基因中,B73和Han21分别有28和36条基因发生了TS事件,其中15条基因在B73和Han21中的转录本转换事件呈现出相反的转换模式。[结论]基因和转录本层面的比较转录组研究,有助于发现玉米响应和抵御干旱胁迫的重要候选基因。