辣椒全基因组WRKY转录因子的分析

编号 zgly0001493684

文献类型 期刊论文

文献题名 辣椒全基因组WRKY转录因子的分析

作者 刁卫平  王述彬  刘金兵  潘宝贵  郭广君  戈伟 

作者单位 江苏省农业科学院蔬菜研究所  江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2015年11期

年份 2015 

分类号 S641.3 

关键词 辣椒  WRKY  转录因子  生物信息学 

文摘内容 基于已公布的辣椒全基因组数据,利用生物信息学方法对辣椒WRKY转录因子家族进行全面鉴定和系统命名,并在此基础上对基因分类、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了研究。结果表明:辣椒CaWRKY家族包含71个基因,根据WRKY结构域的数量及锌指结构的特征可将其分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ等3大类,GroupⅡ又可分为Ⅱ(a)、Ⅱ(b)、Ⅱ(c)、Ⅱ(d)和Ⅱ(e)等5个亚类。辣椒12条染色体上均有WRKY转录因子分布,其中第1号染色体上分布最多,共有10个,第4号染色体上分布最少,仅有2个。辣椒每类/亚类WRKY几乎含有相同的保守基序。辣椒WRKY编码的蛋白在132~869个氨基酸范围内,平均氨基酸数量为373个。