意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定

编号 zgly0001659920

文献类型 期刊论文

文献题名 意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定

作者 熊翠玲  耿四海  王心蕊  刘思亚  陈大福  郑燕珍  付中民  杜宇  王海朋  陈华枝  周丁丁  郭睿 

作者单位 福建农林大学蜂学学院 

母体文献 应用昆虫学报 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S891 

关键词 意大利蜜蜂  中肠  lncRNA-seq技术  长链非编码RNA  上下游基因 

文摘内容 【目的】预测、分析和鉴定意大利蜜蜂Apismelliferaligustica工蜂中肠的长链非编码RNA(lncRNA),探究lncRNA的作用。【方法】结合lncRNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意大利蜜蜂工蜂中肠进行深度测序;利用Perl脚本对原始数据进行过滤;联用CPC和CNCI软件对测序数据进行lncRNA预测,并比较lncRNA基因与其邻近的蛋白编码基因的结构特征;通过RT-PCR对随机选取的lncRNA进行鉴定;利用相关生物信息学软件对lncRNA、的上下游基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的lncRNA-seq共得到1 956 118 858原始读段,经过滤得到1 946 489 304有效读段,共预测出6 353个lncRNA,它们较蛋白编码基因含有较少的外显子数、较短的转录本长度。通过RT-PCR验证了9个lncRNA的表达。lncRNA的上下游基因富集在42个GO条目和256条代谢通路,进一步分析结果表明这些lncRNA参与调控意大利蜜蜂工蜂中肠的新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程。【结论】研究结果丰富了蜜蜂的lncRNA信息,也为阐明lncRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠发育及胁迫响应过程中的作用打下了基础。