甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

编号 zgly0001545082

文献类型 期刊论文

文献题名 甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

作者 程德杰  闫志勇  黄显德  田延平  原雪峰  李向东 

作者单位 山东农业大学植物保护学院植物病毒学研究室  山东省农业微生物重点实验室 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 S432.41 

关键词 全基因组序列  系统发育分析  重组分析  甘蔗花叶病毒 

文摘内容 甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。