假眼小绿叶蝉微卫星位点的生物信息学分析

编号 zgly0001528299

文献类型 期刊论文

文献题名 假眼小绿叶蝉微卫星位点的生物信息学分析

作者 李倩  陈学新  韩宝瑜 

作者单位 中国计量大学生命科学学院浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室  浙江大学昆虫科学研究所水稻生物学国家重点实验室农业部农业昆虫学重点实验室 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2016年04期

年份 2016 

分类号 S435.711 

关键词 假眼小绿叶蝉  基因组  微卫星  生物信息学  高通量测序 

文摘内容 【目的】为开发假眼小绿叶蝉Empoasca vitis分子标记,采用高通量测序技术对假眼小绿叶蝉DNA进行了测序与分析。【方法】本研究基于Illumina Hi Seq测序技术,构建了PE文库(~400bp),对获得的测序数据利用生物信息学分析手段完成全基因组扫描,并进一步使用MISA分析鉴定基因组序列中出现的微卫星序列(SSR)。针对微卫星序列共设计10对引物,并使用3步法进行引物多态性筛选。【结果】共计检测Scaffold数量为183 194条,其中包含SSR的Scaffold共计1 545条,共计筛选出1 569个SSR位点。在假眼小绿叶蝉的微卫星中,共包括87种重复基元类型,二核苷酸与三核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占SSRs总数的70.26%和27.84%;二核苷酸重复基元CA/TG和三核苷酸重复基元AAT/ATT是优势重复基元,分别占SSRs总数的33.96%和5.86%。在设计的10对引物中,5对具有多态性,在8个假眼小绿叶蝉个体中共发现16个等位基因。【结论】结果说明假眼小绿叶蝉SSR位点在多态性方面具有极大的可开发性,具有多态性的SSR位点可对假眼小绿叶蝉种群间的分化,种群间的扩散机理和途径及影响因素等问题提供分子视角。