石榴ARF基因家族鉴定及表达分析

编号 zgly0001659155

文献类型 期刊论文

文献题名 石榴ARF基因家族鉴定及表达分析

作者 黄贤斌  张太奎  刘翠玉  赵玉洁  魏洪珉  周涧青  苑兆和 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心  南京林业大学林学院 

母体文献 果树学报 

年卷期 2019年01期

年份 2019 

分类号 S665.4 

关键词 石榴  ARF基因家族  进化分析  表达分析 

文摘内容 【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。