紫花苜蓿耐苏打盐碱相关基因的转录组学分析

编号 zgly0001683087

文献类型 期刊论文

文献题名 紫花苜蓿耐苏打盐碱相关基因的转录组学分析

作者 李红  李波  邬婷婷  杨曌  方志坚  焦德志  孙婴宁 

作者单位 黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院  齐齐哈尔大学生命科学与农林学院抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江省重点实验室 

母体文献 草地学报 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S541.9 

关键词 紫花苜蓿  苏打盐碱  RNA-Seq测序  功能分类  SSR分析  qRT-PCR验证 

文摘内容 为了揭示紫花苜蓿适应苏打盐碱环境胁迫机制,本试验采用Illumina HiSeq 4000测序技术对紫花苜蓿叶片进行转录组测序并对基因进行功能预测,测序共获得91 853个Unigenes,总碱基数为65 369 474bp。Unigenes序列长度分布显示,测序质量较好,可信度高,其中,45 540个Unigenes与其它生物的基因有不同程度的同源性,通过GO,COG及KEGG数据库注释,将Unigenes具体定位到次生代谢物的生物合成途径、抗生素合成途径、光合作用途径等。紫花苜蓿叶片苏打盐碱胁迫响应中GH3,MYB,HSF等转录因子均发生不同程度的上调,而EREBP转录因子总体受到抑制,同时候选了4CL,PP2C基因及相关转录因子。从91 853个Unigenes中共检测到10 949个SSR位点,包括6类核苷酸基序,A/T出现频率最高,其次为AG/CT和AAG/CTT。qRT-PCR荧光定量检测5个基因的表达趋势与RNA-Seq分析结果一致,证明RNA-Seq测序的可靠性。本研究通过对紫花苜蓿转录组研究,为优质牧草的分子生物学研究提供数据库来源。