三倍体香蕉优良品种‘Grand Nain’全基因组变异挖掘

编号 zgly0001577859

文献类型 期刊论文

文献题名 三倍体香蕉优良品种‘Grand Nain’全基因组变异挖掘

作者 邵秀红  胡春华  盛鸥  毕方铖  邓贵明  杨乔松  易干军 

作者单位 湖南农业大学园艺园林学院  广东省农业科学院果树研究所农业部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室广东省热带亚热带果树研究重点实验室 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S668.1 

关键词 香蕉  全基因组重测序  单核苷酸多态  小片段插入缺失  结构变异  基因变异 

文摘内容 为全面揭示香蕉(Musa spp.)优良品种的全基因组变异类型,本研究采用高通量重测序技术,对当前香蕉主栽品种‘Grand Nain’(AAA group,Cavendish subgroup)开展全基因组重测序,测序深度53.79 X。与野生香蕉‘DH-Pahang’参考基因组比对,共检测到4 598 633个单核苷酸多态位点(SNP),484 752个小片段插入缺失位点(Indel),57 047个结构变异(SV),共导致36 277个基因变异;代谢通路分析(KEGG)发现,植物激素信号转导途径相关基因的变异最多,存在442个基因变异,其中乙烯合成和信号转导途径中1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因(ACO)、1-氨基环丙烷-1-羧酸合成酶基因(ACS)、EIN3/EILs、ERS、RAN、EBF、EIN2等基因都存在变异。特别是序列分析发现‘Grand Nain’中的Ma ACO1基因与参考基因组相比存在2个变异位点并导致氨基酸的突变,且在A和B基因组中MaACO1基因存在2个相邻的变异位点。本研究为香蕉贮藏保鲜等相关分子标记开发、基因功能研究,以及基于基因组编辑技术的香蕉遗传改良提供依据。