水稻雄配子体发育过程中tRNA片段的生物信息学分析

编号 zgly0001648577

文献类型 期刊论文

文献题名 水稻雄配子体发育过程中tRNA片段的生物信息学分析

作者 刘魏  童永鳌  白洁 

作者单位 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室  成都无糖信息技术有限公司 

母体文献 植物学报 

年卷期 2018年05期

年份 2018 

分类号 Q943.2 

关键词 水稻  雄配子体  花粉  tRNA片段  生物信息学 

文摘内容 tRNA片段(t RF)是t RNA通过非随机剪切产生的RNA片段,其产生和功能机制尚不明确;而在水稻(Oryza sativa)雄配子体发育过程中,人们对t RNA更是知之甚少。通过高通量测序,在水稻雄配子体发育过程中发现了长度范围较大的t RFs;进一步采用logo对t RFs两端的序列进行分析,发现了4个有序列特征(其中3个未见报道)和1个无序列特征的酶切位点;通过NCBI Blast预测了t RF靶基因,发现其大多靶向转座因子。研究结果对揭示t RF产生机制以及水稻雄配子体发育研究有一定的参考价值。