西花蓟马EST-SSR信息分析、标记筛选及其与Genomic-SSR的多态性比较

编号 zgly0001433565

文献类型 期刊论文

文献题名 西花蓟马EST-SSR信息分析、标记筛选及其与Genomic-SSR的多态性比较

作者 段惠生  张安盛  赵传志  于毅  褚栋 

作者单位 青岛农业大学农学与植物保护学院  山东省农业科学院植物保护研究所  山东省农业科学院高新技术研究中心 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2012年06期

年份 2012 

分类号 S433  Q963 

关键词 西花蓟马  分子标记  EST-SSR  Genomic-SSR  荧光标记毛细管电泳  多态性 

文摘内容 西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫,近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13839条EST序列进行了uni-EST组装、EST-SSR信息分析以及标记筛选,并比较了EST-SSR与Genomic-SSR在分析遗传多样性方面的差异。结果表明:在7707个singlets中共找到2623个SSR位点,分布于1930个uni-EST中,平均每2.21kb就出现一个SSR位点。重复单元中,以单碱基重复单元为主(83.00%),其次是四碱基重复单元(11.17%),而二、三、五和六碱基重复单元所占比例较低(分别为1.41%,0.80%,2.02%和0.91%)。设计出的22对EST-SSR引物中,4对引物能稳定扩增出清晰的目的条带;荧光标记毛细管电泳发现3对引物表现出多态性。西花蓟马EST-SSR与Genomic-SSR多态性分析表明,这3对多态性EST-SSR引物揭示的多态信息含量(PIC)为0.48～0.69,比5对多态性Genomic-SSR引物揭示的PIC(0.88～0.92)略低。本研究结果可为今后更深入开展西花蓟马的种群遗传结构分析提供帮助。