人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析

编号 zgly0001638758

文献类型 期刊论文

文献题名 人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析

作者 刘慧敏  庆军  胡晶晶  杜红岩  乌云塔娜 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究开发中心  懿奈(上海)生物科技有限公司 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年07期

年份 2018 

分类号 S667.9 

关键词 人心果  转录组  奇可胶 

文摘内容 为了探索人心果(Manilkara zapota L.)的转录组及奇可胶合成相关的基因,使用Illumina测序平台,对人心果果实、树皮和叶片分别进行转录组测序,使用Trinity等软件进行De novo组装和注释以及计算表达量,采用实时荧光定量PCR对转录组数据进行验证。经过组装得到162 455条unigene,总长度达139 792 553 nt,平均长度达861 nt,N50达1 544 nt。通过与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO等数据库比对,共计89 628条unigene得到注释。以组装出来的unigene作为参考序列,在人心果转录组中共鉴别出57 362个SSR位点,果实、叶片和树皮表达的基因中分别检测到99 925、65 989和129109个SNP位点。在人心果转录组中共鉴别出105个与奇可胶合成相关的unigene,参与甲羟戊酸(MVA)途径的基因在果实和树皮中表达量较高,磷酸盐(MEP)途径中的基因则在叶片中的表达量较高,实时荧光定量PCR结果与转录组计算得到的表达量一致。初步推测MVA途径可能是奇可胶合成的主要途径。