基于茄子基因组重测序的InDel标记开发及应用

编号 zgly0001683239

文献类型 期刊论文

文献题名 基于茄子基因组重测序的InDel标记开发及应用

作者 吉康娜  郅俊杰  林丹妮  颜爽爽  田时炳  曹必好  邱正坤 

作者单位 广东省蔬菜工程技术研究中心/华南农业大学园艺学院  重庆市农业科学院蔬菜花卉研究所 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2019年05期

年份 2019 

分类号 S641.1 

关键词 茄子  分子标记  InDel  种质分析  品种纯度鉴定 

文摘内容 茄子是我国重要的蔬菜作物,然而相比于其他茄果类蔬菜,分子标记在茄子中的应用较少。本研究基于2份在果实与抗性上存在显著差异的茄子的全基因重测序数据,鉴定出151327个InDel位点,随机选择并设计了180个InDel标记,利用重测序材料及其杂交一代进行有效性鉴定,结果显示:180个InDel标记均可获得PCR扩增产物,其中62个标记具有多态性,多态率为34.7%。基于62个InDel标记聚类分析结果揭示出24份紫红长茄自交系的遗传多样性,其中46个标记表现出多态性,每个标记的Nei′s基因多样性指数在0.0799～0.4991之间,Shannon′s多样性指数分布在0.1732～0.6923之间。基于24个InDel标记聚类分析结果揭示出143份茄子品种的遗传多样性,在遗传相似系数0.65处,143份茄子品种大体可以分为Ⅰ～Ⅶ七大类群。基于2对InDel标记的茄子品种纯度鉴定结果与田间鉴定结果相吻合。