利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群

编号 zgly0001674961

文献类型 期刊论文

文献题名 利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群

作者 张飞燕  金洁  刘超  胡正飞  张玉林  谢丽分  邬继文  吕龙宝 

作者单位 中国科学院昆明动物研究所  中国科学院昆明灵长类研究中心 

母体文献 野生动物学报 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S852.6 

关键词 食蟹猴  肠道菌群  腹泻  IlluminaMiSeq测序 

文摘内容 本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异,初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份,用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明,Alpha多样性指数分析,健康组与腹泻组的微生物多样性指数(Shannon、Simpson)差异不显著,群落丰富度指数(Chao、Ace)差异显著。PCA主成分分析,健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析,运用MetaStat方法分析,与健康组相比,腹泻组的芽孢杆菌纲、乳酸杆菌目、乳酸杆菌属含量显著降低(P <0. 05),腹泻组Subdoligranulum属显著升高(P <0. 05)。LEf Se(LDA Effect Size)分析(LDA阈值为1),乳杆菌目,芽孢杆菌纲,乳杆菌科,乳酸杆菌属在健康组中显著富集,弯曲杆菌科,弯曲杆菌属在腹泻组显著富集。与健康食蟹猴相比,腹泻食蟹猴微生物区系中的一些菌群发生变化,菌群结构有差异但不显著(P> 0. 05),腹泻食蟹猴菌群结构有简单化的趋势。