中国板栗EST-SNP和抗栗疫病候选基因分析及同源比对

编号 zgly0001435348

文献类型 期刊论文

文献题名 中国板栗EST-SNP和抗栗疫病候选基因分析及同源比对

作者 刘伟  康明  黄宏文 

作者单位 中国科学院华南植物园中国科学院植物资源保护与可持续利用重点实验室  中国科学院研究生院 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2012年01期

年份 2012 

分类号 S664.2 

关键词 中国板栗  栗疫病  候选基因  EST-SNP 

文摘内容 从壳斗科基因组数据库下载中国板栗的Unigene序列和基于这些Unigene序列开发获得的EST-SNP数据,分析发现,中国板栗EST-SNP的发生频率为4个/kb,在碱基置换类型上,C-T置换发生的频率最高,C-G置换发生频率最低,转换和颠换的比值为1.74∶1。对211个在中国板栗健康组织和感染栗疫病的染病组织中差异表达的基因进行基因注释和蛋白质结构域分析,结果表明,参与蛋白质代谢、对胁迫、生物和非生物刺激发生响应的基因所占的比例较多,并发现了大量的跨膜结构、信号肽、卷曲螺旋和蛋白激酶相关结构域。对这211个中国板栗抗栗疫病相关的候选基因和其Unigene序列进行同源比对,统计整理定位在具有同源性的Unigene序列上的EST-SNP,共有3023个EST-SNP标记。这批EST-SNP标记可为今后开展基于候选基因途径的中国板栗抗栗疫病居群基因组学研究和关联作图研究奠定重要的基础。