大麦条纹花叶病毒中国株基因组RNA1的全长序列分析

编号 zgly0000577203

文献类型 期刊论文

文献题名 大麦条纹花叶病毒中国株基因组RNA1的全长序列分析

作者 孙现超  邱并生 

作者单位 西南大学植物保护学院植物病害检测实验室  中国科学院微生物研究所 

母体文献 中国农业科学 

年卷期 2008,41(7)

页码 1969-1974

年份 2008 

分类号 Q78  Q946.88 

关键词 大麦条纹花叶病毒  序列分析  同源性  亲缘关系 

文摘内容 【目的】获得大麦条纹花叶病毒中国株(BSMV-CH)基因组RNA1的全长cDNA,进行序列分析,明确与国外报道株系间的亲缘关系和分类地位【。方法】以自然侵染BSMV-CH的大麦叶片中提取的总RNA为模板,用RT-PCR方法获得BSMV-CH RNA1的全长cDNA,克隆到载体pMD18并测序,用DNAstar软件将获得的序列与GenBank登录的BSMVRNA1序列进行对比,分析各株系序列RNA1之间的同源性,构建系统发育树分析BSMV-CH与国外株系间的亲缘关系。【结果】BSMV-CH的RNA1全长为3795bp(GenBank注册号：AY789693),基因组RNA15′端有一个甲基化的帽子结构,3′端有一个PolyA结构和一段239bp长的类似tRNA的保守序列,BSMV-CH基因组RNA1含有一个长度为3417bp的ORF,推测可编码一个1138个氨基酸的复制酶基因。BSMV-CH的基因组RNA1与国外报道其它株系核苷酸的同源性为95.4%～95.6%。复制酶基因同其它株系核苷酸和氨基酸的同源性分别为94.9%～95.2%和96.5%～96.8%,PolyA的长度比其它株系明显要长。【结论】BSMV-CH和CV42与CV17、ND18、TSE及TSG间的亲缘关系明显低于CV17、ND18、TSG和TSE间的亲缘关系;BSMV-CH与CV42表现相对较近的亲缘关系,但BSMB-CH是不同于CV42的一个BSMV新株系。