矩阵设计检测金针菇转化子外源DNA插入位点

编号 zgly0001710784

文献类型 期刊论文

文献题名 矩阵设计检测金针菇转化子外源DNA插入位点

作者 刘媛媛  谢路昱  李依宁  马新斌  杨环  王朦  谢宝贵 

作者单位 福建农林大学菌物研究中心  新加坡国立大学计算机学院 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2020年06期

年份 2020 

分类号 S646.15 

关键词 二代测序  矩阵  农杆菌介导转化 

文摘内容 插入位点分析对于金针菇功能基因组学的研究极为重要,分析方法常用反向PCR、热不对称交错PCR、Tail-PCR、染色体步移等,存在操作复杂、消耗时间长、特异性较差、效率低等缺点。近年来开始应用基因组重测序的方法,对转化子逐一测序与分析,工作量较大、费用较高。本研究应用矩阵设计,把多个转化子的DNA混合构成样品池,重测序后分析插入位点,M个样品池的测序数据可分析M×(M+1)/2个转化子的插入位点。应用矩阵设计构建6个样品池检测21个转化子,获得21个插入位点,表明这种方法可行、适合大样本分析,如突变体库。