甜杨抗冻转录因子ICE1基因的insilico克隆及其分析

编号 zgly0000550429

文献类型 期刊论文

文献题名 甜杨抗冻转录因子ICE1基因的insilico克隆及其分析

作者 林元震  张志毅  刘纯鑫  郭海  朱保庆  陈晓阳 

作者单位 华南农业大学林学院  北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室  水利部水土保持植物中心  100038 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2007,5(3)

页码 424-430

年份 2007 

分类号 S852.651 

关键词 PsICE1  in  silico克隆  甜杨  转录因子  抗冻性 

文摘内容 ICE1基因编码类似MYC的bHLH转录因子,可特异地结合到CBF3启动子的MYC作用元件并诱导CBF/DREB1下游基因的转录表达。本文采用电子克隆的方法,以拟南芥ICE1蛋白序列为信息探针,利用杨树EST数据库和毛果杨基因组序列拼接的结果,设计引物并通过RT-PCR从甜杨克隆了杨树的第一个ICE1基因。其cDNA长1706bp,含有完整的开放阅读框,可编码543个氨基酸的MYC类蛋白。编码蛋白序列含有bHLH区,核定位信号(NLS)区,富S区和转膜区各1个。Blast分析表明,cDNA序列及其推导的氨基酸序列均与拟南芥和芥菜的ICE1存在着较高的同源性,说明所获得的cDNA可能是甜杨ICE1基因(PsICE1,DQ481236)。通过网络服务器平台进行PsICE1的功能预测,结果显示PsICE1含有bHLH保守功能域,具有多个磷酸化位点和跨膜区域。另外,ICE1的电子表达谱分析结果发现,ICE1几乎可在植物中整株表达,在多种组织和不同发育过程均表达,这也在一定程度上说明了ICE1是组成型表达,以及ICE1可能在植物的生长发育中也起着重要作用。