植原体16S rDNA RFLP指纹图谱分析软件研究

编号 zgly0001380430

文献类型 期刊论文

文献题名 植原体16S rDNA RFLP指纹图谱分析软件研究

作者 牟海青  赵文军  邓中亮  朱水芳 

作者单位 中国检验检疫科学研究院  北京邮电大学电子工程学院 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2010年05期

年份 2010 

分类号 S432.4 

关键词 植原体  分类  RFLP图谱  聚类分析软件 

文摘内容 植原体是一类寄生于植物韧皮部的原核生物。目前国际上主要根据植原体16S rDNA RFLP图谱的比对进行分类及鉴定。传统的PCR-RFLP试验步骤繁琐、重复性差,误差大,尤其在检测鉴定大量植原体病原时,耗时、耗力。通过对目前已公布的全部植原体16S rDNA序列进行比对整理,并生成16S rDNA RFLP电子指纹图谱库。在此基础上开发了指纹图谱分析软件DNA-FP Cluster1.0。该软件可基于序列或图谱形式进行比对,并自动输出比对结果。结果呈现形式为3种:即一种16S rDNA RFLP图谱与多种图谱间相似性分析;多种16S rDNA RFLP图谱间相似性分析;16S rDNA RFLP图谱间相似度树状图。该软件在不需要酶切试验操作的情况下实现了对植原体的快速分类与鉴定,并解决了因植原体材料不全而无法进行植原体酶切后比对的难题,为今后植原体候选种内的细化分类提供了方法与工具。