松材线虫组DNA条形码筛选

编号 zgly0001514232

文献类型 期刊论文

文献题名 松材线虫组DNA条形码筛选

作者 何洁  顾建锋 

作者单位 宁波出入境检验检疫局 

母体文献 植物检疫 

年卷期 2016年01期

年份 2016 

分类号 S763.18 

关键词 松材线虫组  DNA条形码  28S  18S  ITS 

文摘内容 本文基于Gen Bank中登录的14种松材线虫组线虫的28S、18S和ITS部分基因DNA序列,利用遗传距离法及分子生物学方法评价其各自作为松材线虫组DNA条形码序列的适用性。结果显示,28S(拟松材线虫不分亚种)、28S(拟松材线虫分亚种)、18S和ITS的基因序列种内成对遗传距离平均值分别为0.0071、0.0030、0.0007、0.0043,种间成对遗传距离平均值分别为0.0476、0.0454、0.0052、0.1556,其中28S、18S基因序列种内及种间距离存在一定程度的重叠,ITS具有一定程度的Barcoding gap。3个基因序列构建的NJ进化树显示,28S、ITS构建的系统进化树具有较高的节点支持率,可以有效将14个松材线虫组线虫分离成独立分支,而且28S可以有效鉴别出拟松材线虫的2个亚种;基于18S基因构建的进化树不能对吉拉尼伞滑刃线虫、日本冷杉伞滑刃线虫、拟松材线虫进行有效区分。因此,28S、ITS区具有一定的遗传距离间隔以及相对较高的物种识别率,可以作为松材线虫组线虫候选条形码基因。