真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）

编号 zgly0001568174

文献类型 期刊论文

文献题名 真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）

作者 严俊杰  张磊  谢斌  黄千慧  龙莹  谢宝贵 

作者单位 福建农林大学菌物研究中心  福建农林大学生命科学学院  福建农林大学园艺学院 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2017年05期

年份 2017 

分类号 Q78 

关键词 3’端可变剪接  5’端可变剪接  内含子保留  外显子互斥  RNA-seq数据  生物信息学方法  reads定位 

文摘内容 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。