土壤微生物16S rDNA的Ion Torrent PGM高通量检测方法构建与应用

编号 zgly0000991579

文献类型 期刊论文

文献题名 土壤微生物16S rDNA的Ion Torrent PGM高通量检测方法构建与应用

学科分类 220.1040;森林土壤学

作者 毛伟华  吴三玲  张旭 

作者单位 浙江大学分析测试中心  浙江大学环境与资源学院环境工程系 

母体文献 浙江农业学报 

年卷期 2015(12)

页码 2165-2170

年份 2015 

关键词 Ion Torrent PGM  土壤微生物群落  16S rDNA 

文摘内容 采用Ion Torrent Personal Genome Machine(PGM)测序平台,以16S rRNA基因V4-V5区为标靶,沼泽土壤和草坪土壤为材料,建立土壤微生物16S rDNA检测方法。结果表明,当测序序列数达到15 000条左右,两种土壤样品的Shannon曲线趋于平稳,而且沼泽土壤的多样性指数明显高于草坪土壤。在沼泽土壤和草坪土壤中分别检测到7 615和8 072个OTUs,分属于30门、53纲、93目、130科、182属和29门、52纲、88目、125科、183属。方差分析表明两类土壤存在着丰度差异显著的微生物类群和OTUs。