苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

编号 zgly0001576127

文献类型 期刊论文

文献题名 苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

作者 李正男  张双纳  张尊平  范旭东  任芳  胡国君  董雅凤 

作者单位 中国农业科学院果树研究所国家落叶果树脱毒中心 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S436.619 

关键词 苹果  苹果茎沟病毒  基因组  系统发育  一致性  重组 

文摘内容 通过RT-PCR结合RACE技术扩增到苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)吉林沙果分离物(ASGV-JLSG)全长基因组(登录号:FM616381),共含有6 496个核苷酸(nt),编码两个彼此重叠的开放阅读框(Open reading frame,ORF)。ORF1(37~6 354 nt)编码1个241 k D的多聚蛋白,含有甲基转移酶(Methyltransferase)、木瓜蛋白酶(Papain-like-protease)、解旋酶(Nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(Coat protein,CP)等结构域。ORF2(4 788~5 750 nt)编码1个36 kD的运动蛋白(Movement protein,MP)。ASGV-JLSG分离物与Gen Bank公布的29个ASGV分离物全基因核苷酸序列一致性为79.20%~86.60%。系统发育分析结果表明,30个ASGV分离物分成2个组,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。重组分析发现,ASGV-JLSG分离物是苹果茎沟病毒黄花梨分离物(ASGV-HH,JN701424)和柑橘碎叶病毒满头红分离物(CTLV-MTHK,C588948)的重组体。本研究中获得的ASGV-JLSG分离物基因组是来源于中国东北地区的首个ASGV基因组序列。