不同检索工具检索垂柳Unigene序列SSR位点的效率比较

编号 zgly0000927224

文献类型 期刊论文

文献题名 不同检索工具检索垂柳Unigene序列SSR位点的效率比较

学科分类 220.1070;森林植物学

作者 何旭东  郑纪伟  何开跃  王保松 

作者单位 江苏省林业科学研究院  南京林业大学森林环境与资源学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015(1)

页码 197-204

年份 2015 

关键词 微卫星  微卫星位点  检索工具  柳树 

文摘内容 在SSR标记开发中,合适的位点检索工具是获取位点信息、保障位点准确度及提高开发效率的关键。本研究选取了国内外文献中常用的11种基于Windows系统或在线形式的检索工具对垂柳Unigene序列进行SSR位点检索,比较了不同检索工具的参数设置、使用方式、数据录入量、运行时间、位点统计信息量及位点准确度。经综合对比,检索工具MISA位点检出率及准确度最高,结果统计信息最为丰富;检索工具SSR Locator位点检出率比MISA略低,但操作相对简单,运行时间短,且能对候选位点进行引物设计并模拟PCR反应。因此,推荐MISA和SSR Locator为微卫星位点检索的首选工具。