基于频繁子树挖掘的DNA重复序列识别方法

编号 zgly0000762983

文献类型 期刊论文

文献题名 基于频繁子树挖掘的DNA重复序列识别方法

作者 周溜溜  业宁  徐异  严敏利 

作者单位 南京林业大学信息技术学院 

母体文献 微电子学与计算机 

年卷期 2011,28(9)

页码 193-196,201

年份 2011 

分类号 TP311 

关键词 DNA序列  重复体识别  频繁子树挖掘 

文摘内容 提出了一种基于频繁子树挖掘策略说我DNA重复序列识别方法.绕开了传统的序列比对方式,将序列按照后缀树结构方式进行组织,再对后缀树形式做了约减改进,使其更加适合子树挖掘操作,最后利用频繁子树挖掘的方法对其进行学习.算法可以直接识别出满足设定阈值的重复序列,避免了由短重复体拼接所造成的时间浪费,设计的＂二次识别技术＂使得算法对模糊重复体也有着很好的识别效果,提高了识别完整度.实验证明: 算法在识别效率性能方面较升,尤其当识别较长重复体时,优势体现的更为明显,同时在识别完整度方面也高度可比.