菰核基因组SSR引物的开发及其在稻族植物中的通用性检测（英文）

编号 zgly0001706449

文献类型 期刊论文

文献题名 菰核基因组SSR引物的开发及其在稻族植物中的通用性检测（英文）

作者 WagutuGodfreyKinyori  NjeriHenryKariuki  樊香绒  陈媛媛 

作者单位 中国科学院武汉植物园水生植物与流域生态重点实验室  中国科学院大学  中国科学院中非联合研究中心  西藏大学理学院  西藏大学青藏高原生态环境研究中心 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 Q943.2 

关键词 微卫星标记  参照基因组  简单重复序列(SSR)  野生稻  菰 

文摘内容 利用数据库中已有的部分菰（Zizania latifolia Turcz.）核基因组序列,采用in silico方法开发其SSR引物,并选取我国不同纬度的5个菰野生种群,对合成的64对引物进行筛选。结果显示:64对引物中有15对至少在一个种群中表现出多态性;共发现84个等位基因,每个位点平均有5.6个等位基因。在5个种群中,观察杂合度为0.000～0.941,预期杂合度为0.072～0.625。种群间的基因流（Nm=0. 576）水平较低导致了种群间表现出较高的遗传分化(FST=0. 432)。进一步对稻族其他物种的通用性检测发现,15个多态位点中,有8个位点在亚洲栽培稻（Oryza sativa L.）中得到扩增,有9个位点在普通野生稻（O. rufipogon Griff.）中得到扩增。