大花序桉群体适应性相关的SSR位点

编号 zgly0001679455

文献类型 期刊论文

文献题名 大花序桉群体适应性相关的SSR位点

作者 王莉  李昌荣  李发根  周长品  翁启杰  吕佳斌  陈健波  陈剑成  甘四明 

作者单位 中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业局重点实验室  广西壮族自治区林业科学研究院广西优良用材林资源培育重点实验室中南速生材繁育国家林业局重点实验室  玉林市林业科学研究所 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2019年05期

年份 2019 

分类号 S792.39 

关键词 大花序桉  SSR标记  气候因子  正向选择  群体适应性  地理隔离 

文摘内容 【目的】检测大花序桉群体与环境适应性相关的基因组位点,为种质资源保护和利用提供分子生物学信息。【方法】利用84个SSR标记（包括29个基因组SSR和55个EST-SSR）分析引种到广西,来源于澳大利亚昆土兰州北部和南部各7个大花序桉群体,通过Mantel检验确定群体间是否存在地理隔离;检测群体间分化系数(Fst)离群值的受选择位点;并基于空间分析法检测与群体气候因子显著相关的等位片段,将显著相关位点的序列与NCBI数据库比对进行功能注释。【结果】大花序桉北部与南部群体间存在地理隔离,基于19个气候因子的聚类分析将北方与南方群体分为独立的组,这表明气候因子亦驱动了群体的分化。共检测到Fst离群值的受选择SSR位点39个（46.4%）,其中,LOSITAN软件检测到12个正向选择位点和17个平衡选择位点。5个Fst离群值位点的6个等位片段与1个或多个气候因子显著相关（P<0.001）,其等位频率在北部与南部群体间差异明显,其中,Embra6-118 bp与最冷月最低气温(Tmcm)显著相关,位点DNA序列的功能注释为碱性螺旋-环-螺旋（basic helix-loop-helix, bHLH）转录因子bHLH155;Embra20-121 bp与最暖季度降水量(Pwq)显著相关,位点的功能注释为蔗糖转运蛋白（sucrose transporters）;EUCeSSR676-168 bp与Tmcm、Pwq、年均气温(Tma)和最暖月最高气温(Tmwm)均显著相关,位点的功能注释为光系统Ⅱ稳定性/组装因子HCF136 （photosystem II stability/assembly factor HCF136）;另外两个显著相关位点EUCeSSR298和EUCeSSR1009的功能未知。【结论】大花序桉北部与南部群体的显著分化受长期气候的影响,在第四纪大冰期可能存在北部和南部避难所。与气候因子显著相关的SSR位点在北部和南部群体间的等位频率差异为基于正向选择的气候适应性提供了分子证据。