基于SSR分子标记的枸杞遗传多样性研究

编号 zgly0001716374

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SSR分子标记的枸杞遗传多样性研究

作者 任重  汪贵斌  杨晓明  郭起荣  范雪娇  任钢 

作者单位 南京林业大学  青海省海西蒙古族藏族自治州农业科学研究所 

母体文献 经济林研究 

年卷期 2020年03期

年份 2020 

分类号 S567.19 

关键词 枸杞  黑果枸杞  SSR分子标记  遗传多样性  转录组 

文摘内容 【目的】使用黑果枸杞的转录组数据开发适合枸杞的EST-SSR引物,用于分析评价枸杞品种和种质的遗传多样性,为黑果枸杞种质资源评价和新品种培育提供理论依据。【方法】基于NCBI公共数据库已经发表的黑果枸杞果实转录组数据,分析得到枸杞的EST-SSR分子标记,合成了符合设计标准的182对EST-SSR引物,经过扩增和多态性筛选后,将多态性好的引物用于30份枸杞材料的遗传多样性分析。【结果】在182对引物中,有176对引物可以扩增出条带,共筛选出20对多态性好、有特异性的引物,其多数引物扩增条带数为2～8条。使用20对引物在30份枸杞材料中共扩增得到121条条带,平均每对引物扩增出6.05条,有效等位基因数(N_e)的均值为1.473 1个,Nei’s多样性指数(H)的均值为0.291 7,Shannon信息指数(I)的均值为0.451 7,多态性信息含量(PIC)均值为0.667,30份材料的遗传相似系数为0.459 2～0.991 8,表明品种间具有较丰富的遗传差异。聚类分析结果表明,30份枸杞材料被分为6个组,黑果枸杞与红果枸杞明显归于不同类型,不同种源地的黑果枸杞可以明显区分,相同省区或相近地区的材料多聚在一组,由此推测,这与其种质遗传成分具有一定的相似性有关。整体聚类分析结果与供试材料来源信息基本对应。【结论】红果枸杞栽培品种之间的遗传距离较小,甘肃的黑果枸杞与青海、新疆的黑果枸杞材料之间其遗传多样性均存在较大差异,利用黑果枸杞转录组数据开发出的SSR分子标记,不仅适用于枸杞的遗传多样性研究,还可适用于黑果枸杞遗传多样性的分析与评价。