基于RNA-seq东北林蛙(Rana dybowskii)微卫星特征分析及应用

编号 zgly0001710573

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-seq东北林蛙(Rana dybowskii)微卫星特征分析及应用

作者 迟天舒  周政霖  张秀惠  杨宝田  董丙君  周瑜 

作者单位 沈阳师范大学生命科学学院 

母体文献 经济动物学报 

年卷期 2020年02期

年份 2020 

分类号 S917.4 

关键词 东北林蛙  微卫星位点  种群分析 

文摘内容 利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析。结果表明:共获得456 669条Unigene,其中二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸比例较为平均,分别为32.25%、29.12%、27.91%。二碱基重复类型中AT/AT为优势重复单元,有6 063个,占全部二碱基重复的61.0%;三碱基重复类型中AAT/ATT为最主要的重复单元,有2 668个,占全部三碱基重复的29.7%,其次为TCC/GGA重复数,有2 211个,占全部三碱基重复的24.6%;四碱基重复类型中AAAT/ATTT占绝对优势,有2 788个,占全部四碱基重复的32.4%。按照标准对全部的Unigenes进行位点搜索,筛选出89个微卫星位点,最终选择8个位点应用于36个个体上进行等位基因分型。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.000～0.667,0.105～0.926,0.099～0.921。这些位点可作为后续对东北林蛙的种群遗传、个体识别等研究的有力工具。