甘薯EST资源的SSR信息分析

编号 zgly0001373104

文献类型 期刊论文

文献题名 甘薯EST资源的SSR信息分析

作者 黄立飞  房伯平  陈景益  张雄坚  罗忠霞 

作者单位 广东省农业科学院作物研究所 

母体文献 植物生理学通讯 

年卷期 2009年01期

年份 2009 

分类号 S531 

关键词 甘薯  EST-SSR  基元 

文摘内容 从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别为4.4%和24.28bp。在2～6bp的重复基元中,六核苷酸重复基元出现频率最高(30.96%),其次是三核苷酸重复基元(29.59%)和二核苷酸重复基元(24.54%)。出现最多的重复基元是AG/CT(16.28%),其次是AAG/CTT(11.01%)。