以川陕哲罗鲑为目标物种的水样环境DNA分析流程的优化

编号 zgly0001533476

文献类型 期刊论文

文献题名 以川陕哲罗鲑为目标物种的水样环境DNA分析流程的优化

作者 姜维  王启军  邓捷  赵虎  孔飞  张红星 

作者单位 陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室 

母体文献 应用生态学报 

年卷期 2016年07期

年份 2016 

分类号 S931.3 

关键词 川陕哲罗鲑  环境DNA分析  方案优化 

文摘内容 水样环境DNA分析包括水样采集、DNA提取和分析等流程,已成为监测濒危水生生物种群分布调查的重要手段.为减少在监测目标物种尤其濒危物种中的不确定性,对水环境DNA分析流程的优化至关重要.本研究以川陕哲罗鲑为目标物种,采用滤膜法采集养殖池中的水样,设计了250 mL、500 mL、1 L和2 L等4种水样采集量,分别采用PoweWater DNA Isolation kit和DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取水样环境DNA(e DNA),使用物种mtDNAD_loop区特异性引物进行PCR扩增,通过研究滤膜法、水样采集量和水样DNA提取方法对水样e DNA中目标基因检出率的影响,探索适宜的e DNA分析操作方案.结果表明:使用DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取的水样DNA中目的基因的检出率为100%,效果明显优于PoweWater DNA Isolation kit(目标基因的检出率为0);目标基因扩增条带的亮度随水样采样量的增加而增加,其中2 L水样目标基因的扩增效果较理想;序列比对结果显示,本试验从水样DNA中成功扩增得到了川陕哲罗鲑mtD NA Dloop区部分序列.表明DNA提取方法和水样采集量对目标物种的检出率有显著的影响,滤膜法、2 L水样采集量、DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit更适宜进行水样的DNA分析,mtD NA D-loop区可作为川陕哲罗鲑识别的特异性分子标记.