基于松科树种EST序列的落叶松SSR引物开发

编号 zgly0000728881

文献类型 期刊论文

文献题名 基于松科树种EST序列的落叶松SSR引物开发

学科分类 220.1070;森林植物学

作者 贯春雨  张含国  张磊  朱航勇  邓继峰 

作者单位 东北林业大学 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2011,39(1)

页码 20-23

年份 2011 

分类号 S722.7 S791.22 

关键词 松科  落叶松  EST—SSR  引物开发 

文摘内容 登陆NCBI的dbEST数据库搜索松科树种EST序列, 应用SSRIT软件在线搜索EST—SSR, 用Primer3设计EST—SSR引物。选用日本落叶松(Lleptolepis)×兴安落叶松(Lgrnelinii)及其145个F1为检测植株, 对所开发EST—SSR引物进行扩增, 并以丙烯酰胺凝胶检测扩增产物, 以获得适合落叶松的SSR引物, 以期用于该家系的图谱构建及QTL定位的研究。NCBI数据库搜索松科EST序列40608条, 使用SSRIT检测得到SSR位点1011个, 频率为2.49%。使用primer3设计EST—SSR引物132对。ssRs以二核苷酸重复最为常见, 重复基元11种, 重复数量5598个, 占全部重复基元比例达到83.79%; 其次为三核苷酸, 重复基元40种, 重复数量1067, 占全部重复单元的比例为15.97%; 四核苷酸为3种重复基元, 重复数量16, 所占比例为1.95%。经扩增检测125对EST—SSR引物在日×兴亲本及F1中获得扩增产物, 占94.7%。