桑树EST—SSR引物开发

编号 zgly0000819333

文献类型 期刊论文

文献题名 桑树EST—SSR引物开发

作者 高丽霞 

作者单位 河池学院化学与生命科学系 

母体文献 南方农业学报 

年卷期 2013(8)

页码 1254-1257

年份 2013 

分类号 S888.3 

关键词 桑树  EST—SSR  引物  开发  EST数据库  多态性 

文摘内容 【目的】:利用桑科的EST数据库进行桑树EST—SSR引物开发, 为丰富桑树SSR数据库提供参考。【方法】:下载NCBI中桑科的EST数据库, 进行序列处理及拼接后, 用SSRIT搜索其中的SSR位点, 以Primer Premier 5.0设计引物, 选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选。【结果】:下载的EST拼接后得到2008条拼接片段(contig), 共搜索到831个SSR位点, 分布在799个contig中。二、三核苷酸重复基元是主导类型, 分别占总SSR的66.06%和32.37%; TC/AG和CT/GA是二核苷酸优势重复基元, 分别占二核苷酸总数的28.64%和25.87%。设计合成77对EST—SSR引物, 其中46对能够扩增出有效条带; 经多态性筛选, 26对引物可扩增出多态性条带。【结论】:利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST—SSR引物的开发是可行的; 开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等。