AFEchidna—动植物育种数据遗传评估分析的R程序包

编号 zgly0001748958

文献类型 期刊论文

文献题名 AFEchidna—动植物育种数据遗传评估分析的R程序包

作者 肖丽娜  魏瑞研  谭芷茵  张卫华  林元震 

作者单位 广东省森林培育与保护利用重点实验室/广东省林业科学研究院  华南农业大学/广东省森林植物种质创新与利用重点实验室 

母体文献 林业与环境科学 

年卷期 2022,38(5)

页码 50-56

年份 2022 

分类号 S722.5 

关键词 REML  方差分量  遗传参数  批量分析 

文摘内容 子代测定是动植物育种中的关键环节,一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted maximum likehood,REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量,并估计固定效应(最佳线性无偏估计,BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测,BLUPs)。当前动植物遗传评估的先锋软件是ASReml,但其是商业软件,费用昂贵。虽然有如Echidna或R程序包sommer等免费软件,但是Echidna软件用法复杂,而R程序包功能有限。因此本研究利用R语言基于Echidna软件编写R程序包AFEchidna,方便用户通过该程序包使用混合线性模型不仅可求解方差分量、遗传参数和随机效应BLUP值,还可进行多个性状、多个方差结构和多个遗传参数的批量分析,不同模型间的比较以及基因组BLUP分析。开发AFEchidna包来壮大遗传评估免费软件,并期望其效率能接近于商业软件。