7种昆虫质型多角体病毒基因组密码对的使用模式分析

编号 zgly0001447865

文献类型 期刊论文

文献题名 7种昆虫质型多角体病毒基因组密码对的使用模式分析

作者 石生林  孙影  姜义仁  杨瑞生  秦利 

作者单位 沈阳农业大学植物保护博士后流动站  沈阳农业大学生物科学技术学院  辽宁省昆虫资源工程技术研究中心 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2013年01期

年份 2013 

分类号 S476.1  S884 

关键词 质型多角体病毒  密码对使用模式  聚类分析  系统发育 

文摘内容 质型多角体病毒(cypoviruses,CPV)是昆虫常见病原微生物。采用生物信息学方法对7种昆虫CPV基因组编码序列进行密码对使用模式分析,探究昆虫CPV基因组特征。分析结果表明:昆虫CPV基因组中密码对的使用是非随机的,密码对组合NNA→ANN、NNG→GNN、NNU→CNN、NNU→UNN中的多数密码对是CPV负偏好性密码对,密码对组合NNA→CNN、NNA→UNN、NNG→CNN、NNU→GNN中的多数密码对是CPV正偏好性密码对;残值最高的10个密码对与残值最低的10个密码对中有4个共用密码子(AAA、AAG、GAU、UAU),进一步说明密码对使用的偏好性;不同CPV间的基因组密码对使用偏好性程度相近,但极端偏好性密码对种类不同。同一电泳型CPV在聚类分析中的距离较近,说明同一电泳型CPV的基因组密码对使用模式相似,并且系统发育分析结果与基于密码对使用模式的聚类分析结果一致,说明CPV基因组密码对使用模式分析可用于研究其基因组进化。昆虫CPV基因组密码对使用具有偏好性,这种偏好性是其基因组特征的一种表现。