微生物生态研究中BIOLOG方法数据分析及R语言实现

编号 zgly0001726921

文献类型 期刊论文

文献题名 微生物生态研究中BIOLOG方法数据分析及R语言实现

作者 王强  梁玉  范小莉  张文馨  何欢  戴九兰 

作者单位 山东省林业外资与工程项目管理站  山东省林业科学研究院  山东大学环境研究院 

母体文献 生态学报 

年卷期 2021,41(4)

页码 1514-1527

年份 2021 

分类号 TP3 

关键词 BIOLOG  R语言  多元统计  群落结构  生物多样性  微生物生态 

文摘内容 微生物生态研究中,对微生物群落结构、群落特征以及其与环境因素的关系的揭示,一直受到广泛关注;适当的数据分析方法有助于更清晰地刻画微生物群落结构特征,明确其与环境因素的关系。结合实例,对微生物生态研究中基于BIOLOG微平板技术的数据分析方法进行梳理,分别介绍数据读取整理、特征指数计算、非限制性排序、限制性排序、聚类分析、环境向量拟合、蒙特尔检验等常用数据操作及生态分析方法;针对不同方法结论,结合研究目标和生态理论给出具有统计学意义的解释,并评价不同方法特点及适用场景;分析过程以R语言实现,并提供全部代码。结果表明,BIOLOG方法产生数据能从多个角度表征微生物群落功能特征,并结合环境指标梯度进行分析;但BIOLOG数据可能不满足正态性分布,在基于正态分布的分析前应提前进行检验;排序分析时应慎用主成分分析,可优先采用其他基于距离矩阵的排序方法;R语言能够简化BIOLOG数据读取及操作,易于完成各类统计分析。本研究能够对微生物生态研究者科学选择应用统计分析方法、提高数据处理效率提供直接参考。