苦荞全基因组11S种子储藏蛋白基因的鉴定及表达分析

编号 zgly0001568244

文献类型 期刊论文

文献题名 苦荞全基因组11S种子储藏蛋白基因的鉴定及表达分析

作者 邓娇  陈庆富  张启迪  汪燕  梁成刚  黄娟 

作者单位 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2017年06期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S517 

关键词 苦荞  11S种子储藏蛋白  Cupin保守结构域  系统发育关系  表达分析 

文摘内容 以苦荞（Fagopyrum tataricum（L.）Gaertn）全基因组数据为平台,采用生物信息学方法,挖掘出9个11S种子储藏蛋白基因,并对其定位、蛋白结构、系统发育及表达模式进行了分析。结果表明,苦荞9个11S种子储藏蛋白基因编码的蛋白长度为189914 aa,等电点位于5.189.82之间,分子量为21.27103.33 kD;定位分析结果显示,这些成员位于苦荞基因组的6条连锁群上（Megascaffold2/5以及scaffold77/344/395/861）;序列比对分析发现,除了1个11S种子储藏蛋白sample100009513-RA具有1个cupin保守结构域外,其余8个都含有2个cupin结构域,并且在cupin保守结构域中,苦荞和拟南芥（Arabidopsis thaliana（L.）Heynh）共有14个保守的氨基酸残基;蛋白结构预测表明,苦荞11S种子储藏蛋白的结构具有2种类型;苦荞与其它6个物种[拟南芥、花生（Arachis hypogaea Linn.）、大豆（Glycine max（Linn.）Merr.）、杏仁（Armeniaca vulgaris Lam.）、胡桃（Juglans regia L.）和芝麻（Sesamum indicumLinn.）]11S种子储藏蛋白以及苦荞过敏蛋白（TBb和TBt）系统发育分析结果表明,这些蛋白可以分为3类,共具有4对旁系同源蛋白和3对直系同源蛋白;与已报道的苦荞过敏性储藏蛋白以及其它5个物种（花生、大豆、杏仁、胡桃和芝麻）的11S过敏蛋白比较发现,5个11S种子储藏蛋白（sample100013128-RA、sample100013130-RA、sample100021677-RA、sample100021668-RA和sample100021674-RA）与苦荞2个过敏蛋白的同源性较高,同时它们与胡桃11S过敏蛋白的同源性最高,但尚需进一步实验来确定这5个成员是否为食物过敏原;RNA-Seq转录组数据显示,4个基因（sample100018411-RA、sample100026786-RA、sample100021674-RA、sample100022718-RA）在2种荞麦属植物的灌浆期种子中表达水平较高,且在‘大苦1号’中的表达水平要高于‘大甜1号’。