商城肥鲵二碱基重复和四碱基重复微卫星DNA的结构特征及对筛选效率的影响

编号 zgly0001630735

文献类型 期刊论文

文献题名 商城肥鲵二碱基重复和四碱基重复微卫星DNA的结构特征及对筛选效率的影响

作者 王慧  张保卫  史文博  骆侠  周立志  韩德民  常青 

作者单位 安徽大学生命科学学院  南京师范大学生命科学学院 

母体文献 生物多样性 

年卷期 2012年01期

年份 2012 

分类号 Q75 

关键词 微卫星结构  微卫星DNA家族  Pachyhynobiusshangchengensis  筛选效率 

文摘内容 两栖类有尾目物种的微卫星分离中的筛选成功率常常较低。为探索微卫星结构对筛选效率的影响,本研究通过AFLP快速分离法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats,FIASCO)对商城肥鲵(Pachyhynobius shangchengensis)二碱基重复类型和四碱基重复类型微卫星进行分离,并对微卫星序列进行了分析。研究中发现二碱基微卫星位点多以微卫星DNA家族形式存在,并因此导致了微卫星位点分离较低的筛选率;在四碱基重复的微卫星位点中未发现微卫星DNA家族的存在。对研究中得到的3个微卫星DNA家族的分析发现,同一家族的上、下游侧翼序列变异程度存在差异;毗邻微卫星重复单元区的侧翼序列碱基变异程度较高,而较远处的区段则相对保守。这些结构特征可能反映出微卫星DNA家族在演化中的复杂性。本文的研究结果提示在两栖动物的一些类群中,微卫星的筛选必须考虑微卫星DNA家族的影响,选取适宜的碱基重复类型将是决定筛选效率的关键。