草菇磷酸果糖激酶(PFK)基因克隆、结构及不同菌株中表达量分析

编号 zgly0001461498

文献类型 期刊论文

文献题名 草菇磷酸果糖激酶(PFK)基因克隆、结构及不同菌株中表达量分析

作者 刘朋虎  谢宝贵  邓优锦  江玉姬 

作者单位 福建农林大学菌物研究中心  国家菌草工程技术研究中心 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2013年02期

年份 2013 

分类号 S646.13 

关键词 草菇  基因结构  可变剪切  协同增效  异核体 

文摘内容 从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp;RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptper million cleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。