梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建

编号 zgly0001691307

文献类型 期刊论文

文献题名 梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建

作者 刘伟  张倩倩  舒芳  蔡英丽  马晓龙  边银丙 

作者单位 华中农业大学应用真菌研究所  武汉市农业科学院蔬菜研究所 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2019年12期

年份 2019 

分类号 S646.7 

关键词 共显性标记  原生质体技术  同核体  单孢群体  遗传连锁图谱 

文摘内容 基于梯棱羊肚菌Morchella importuna两个子囊孢子培养物的全基因组测序数据,对全基因组范围内的变异位点进行分析。共鉴定到18438个变异位点,平均每Mbp的变异位点数量为361个;变异位点以单核苷酸多态性SNP为主,共计17 104个,基因组中SNP的频率为335SNPs/Mbp;Indel多态性位点1 334个,以2–10bp的插入缺失为主;73.4%SNP/Indel位于基因间隔区域,外显子区域共检测到3 042个变异位点,占总数的16.50%;对基因功能产生确定影响的移码突变有1 088个,占5.90%,错义突变916个,占比4.97%;不同Scaffold上的SNP/Indel出现频率不同,SNP频率最大的为Scaffold80,平均每Mbp包含2 856个SNP,频率最低为Scaffold60和Scaffold75,分别为16SNPs/Mbp和30SNPs/Mbp;对≥11bp的Indel变异位点进行标记开发和多态性群体分析,成功开发出75对Indel标记。采用原生质体单细胞分离技术,获得了梯棱羊肚菌M04的两个可亲和的同核体菌株M04P01和M04P40,同时采用来自M04子囊果的58个单孢菌株作为作图群体,初步构建了包含75个Indel标记和1个交配型基因的梯棱羊肚菌遗传连锁图谱,共获得12个连锁群,连锁群总长度273.7cM。