基于PCA和ICA的糖基化位点的预测和分析

编号 zgly0000743778

文献类型 期刊论文

文献题名 基于PCA和ICA的糖基化位点的预测和分析

作者 王楚正  谭晓风  陈延伟 

作者单位 中南林业科技大学计算机与信息工程学院  中南林业科技大学林学院 

母体文献 计算机与应用化学 

年卷期 2011,28(5)

页码 565-568

年份 2011 

分类号 TQ015.9 TP391.9 

关键词 糖基化位点  主成分分析  独立成分分析  位置概率函数 

文摘内容 为了提高糖基化位点的识别率,提出主成分分析(PCA)和独立成分分析(ICA)相结合的新方法对O-糖基化位点进行预测和分析。以窗口长度为51的蛋白质序列为研究对象,采用稀疏编码方案,首先利用PCA算法对蛋白质序列进行去相关预处理,以降低原始蛋白质序列的维数。然后利用ICA算法进行训练,提取特征向量构建子空间。测试序列投影到每一类子空间,计算测试序列和每类子空间重构序列的距离,根据距离大小确定所属的类。实验表明,提出的新方法有较高的预测性能。