应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

编号 zgly0001636123

文献类型 期刊论文

文献题名 应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

作者 周长品  翁启杰  甘四明  姬红霞  陈升侃  王莉  李发根 

作者单位 中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业局重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S792.39 

关键词 单核苷酸多态性  SNaPshot  遗传多样性  桉树 

文摘内容 【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNa Pshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F1子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F1子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离;对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(He)为0.11~0.51、观测杂合度(Ho)为0.11~0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10~0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNa Pshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。