樱桃MADS-box转录因子的生物信息学及其表达分析

编号 zgly0001497304

文献类型 期刊论文

文献题名 樱桃MADS-box转录因子的生物信息学及其表达分析

作者 朱友银  邵姁  王月  李永强  郭卫东 

作者单位 金华职业技术学院农业与生物工程学院  浙江师范大学浙江省特色经济植物生物技术研究重点实验室 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2015年03期

年份 2015 

分类号 S662.5 

关键词 樱桃  MADS-box  转录因子  生物信息分析  表达分析 

文摘内容 MADS-box转录因子在植物花和果实发育过程中发挥重要调控作用。本文从樱桃花芽转录组分析中,获得18个具有全长开放阅读框的MADS-box转录因子(Ppc MADS),利用生物信息学方法对它们编码的氨基酸基本性质和结构进行了系统分析。结果表明,除KP347550和KP347552以外,均属于MIKC家族,大部分为不稳定碱性亲水蛋白,二级结构中同时含有α-螺旋、β-转角、扩展链和无规则卷曲结构,其中α-螺旋所占比例最高。亚细胞定位分析显示,MADS-box蛋白主要定位在细胞核中,而KP347549定位到细胞质、KP347545和KP347552定位到质膜的几率较高。序列主要含有4个保守基序,其中基序1为该基因家族的保守基序,含有MADS盒。Ppc MADS转录因子可以分为AP3亚组、PI亚组、SHP亚组、AG亚组、AP1亚组、SEP亚组、SOC亚组、SVP亚组及4个未知亚组。KP347545、KP347546、KP347547、KP347549、KP347551、KP347552、KM243373、KM243375和KM243377只在花中表达,KP347548和KP347550在花和果实中均不表达,其他7个基因在两个组织中都表达。