中国蜜蜂西奈湖病毒基因组测序与系统发育分析

编号 zgly0001720259

文献类型 期刊论文

文献题名 中国蜜蜂西奈湖病毒基因组测序与系统发育分析

作者 张祎  丁兆润  李文峰  韩日畴 

作者单位 广东省生物资源应用研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室广东省野生动物保护与利用公共实验室  华南农业大学农学院 

母体文献 应用昆虫学报 

年卷期 2020年05期

年份 2020 

分类号 S895 

关键词 西方蜜蜂  西奈湖病毒  系统发育  基因组重组分析 

文摘内容 【目的】获得广东省西方蜜蜂Apis mellifera所携带西奈湖病毒(Lake Sinai virus,LSV)基因组全长序列,并进行系统发育分析,确定其分类地位。【方法】利用Sanger测序得到广东省西方蜜蜂所携带的LSV基因组全长,命名为LSV GIABR并上传至GenBank。从基因库中下载28个LSV基因组全长序列,以及34条RDRP序列,利用软件MEGA.X,分别使用最大似然法(Maximum Likelihood)和邻接法(Neighbor-Joining)构建的系统发育树,确立LSVGIABR的分类地位。另外,使用软件RDP4.0分析基因组是否发生重组及重组位置。【结果】LSV GIABR基因组全长5 910 nt,包含ORF1(基因组位置78-2615),RDRP(1852-3720),核衣壳蛋白Capsid(3739-5301)和ORF4(5346-5798)。全基因组和RDRP基因系统发育分析确定LSVGIABR属于LSV2,基因组重组分析推测其可能是美国和澳大利亚的LSV2株系的母本。【结论】从广东省西方蜜蜂检测到的LSV基因组全长为5 910 nt,属于LSV2,并可能是美国和澳大利亚的LSV2株系的母本。