基于全基因组重测序的中国猕猴桃溃疡病菌遗传多样性分析

编号 zgly0001677882

文献类型 期刊论文

文献题名 基于全基因组重测序的中国猕猴桃溃疡病菌遗传多样性分析

作者 任雪燕  陶思齐  王晓玮  梁英梅 

作者单位 北京林业大学省部共建森林培育与保护教育部重点实验室北京林业大学博物馆 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S436.634 

关键词 重测序  核苷酸多态性  遗传分化  平衡选择  基因流 

文摘内容 由Pseudomonas syringae pv. actinidiae （Psa）引起的猕猴桃细菌性溃疡病是为害猕猴桃的一种毁灭性病害,1996年被列为我国森林植物检疫对象。本研究对来源于我国7个受溃疡病为害最严重地区的21个Psa菌株进行重测序分析,通过主成分分析和系统发育学分析将21个菌株分为三大类群;固定系数分析结果显示所有群体的FST值均小于0.05;核苷酸多态性分析结果显示所有菌株的Θπ值仅为3.74×10-6,且各群体间的差异不明显。这些结果表明Psa在我国的遗传多样性处于低水平状态。基因流（Nm）分析结果显示不同群体之间的Nm值均大于4,表明各群体病原菌之间存在较大的基因交流; Tajima’s D中性检验结果显示所有群体的Tajima’s D值均大于0,暗示各群体都经历平衡选择; Ka/Ks分析结果显示Psa的大部分基因都受到纯化选择,仅有极少数的基因受到正选择。本研究揭示了中国7个受溃疡病危害最严重地区Psa的遗传多样性,并且获得大量基因组数据,可为病害防治、病原菌耐药性以及抗病植株的选育提供理论依据。