梅叶绿体分离与测序方法优化

编号 zgly0001697631

文献类型 期刊论文

文献题名 梅叶绿体分离与测序方法优化

作者 薛松  倪照君  乔玉山  侍婷  高志红 

作者单位 南京农业大学园艺学院  南京农业大学大学园艺学院 

母体文献 中国园林 

年卷期 2020年S1期

年份 2020 

分类号 S685.17 

关键词 园林植物  梅  叶绿体DNA提取  改良高盐-低pH法  叶绿体测序 

文摘内容 叶绿体基因组是研究进化关系的理想基因组。为了获得最适合梅(Prunus mume)叶绿体提取及测序方法的方案,以梅品种‘龙眼’新鲜幼叶为试验材料,比较叶绿体试剂盒,高盐-低pH配合Percoll密度梯度以及改良高盐-低pH3种方法分离叶绿体的效果。结果表明改良高盐-低pH法提取梅cpDNA的OD260/OD280值为2.043,质量浓度为5 286.4ng/ul,是3种方法中最适合梅叶绿体提取的方法。此外,通过比较直接与拼接2种测序方法得到的‘龙眼’梅叶绿体基因组差异,发现两者的显著差异为直接测序法测得基因组在IR区112～118kb区间有一段冗余序列,基因组重排相似度高于99%。综合考虑,梅叶绿体最佳提取方法为改良高盐-低pH法,直接测序法获得的信息量较大但增加了提取叶绿体DNA的成本。