基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析

编号 zgly0001623876

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析

作者 庄黎丽  王剑  杨志民 

作者单位 南京农业大学草业学院 

母体文献 草业学报 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S688.4 

关键词 高羊茅  Ⅰ类同源异型-亮氨酸拉链蛋白  转录组数据库  干旱胁迫  实时荧光定量聚合酶链式反应 

文摘内容 高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ蛋白序列作为搜索请求,搜索本地数据库获得高羊茅中对应序列。结合序列分析及PCR克隆技术得到高羊茅13个HD-Zip Ⅰ类成员的全长序列。系统进化树及MEME结构域分析发现,高羊茅13个HD-Zip Ⅰ成员与水稻HD-Zip Ⅰ家族成员进化关系接近,蛋白结构域的数目及排布方式也基本一致。采用荧光定量PCR技术分析短期及长期聚乙二醇6000模拟的干旱处理下11个FaHD-Zip Ⅰ基因在高羊茅根颈中的mRNA相对表达水平。结果表明,短期干旱胁迫下,除FaHOX4和FaHOX6外,其余基因相对表达水平均发生一定程度的上调或者下调,且FaHOX22的响应程度最大;长期干旱胁迫下,所有基因的表达水平均在7或者14 d上调,FaHOX22在14 d时的表达水平比对照上调76.3倍。为基因组序列缺乏的非模式植物快速有效地进行基于转录组数据库的基因家族克隆及其功能研究提供了一种很好的方法。